На базе Санкт-Петербургского НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера функционируют два Центра коллективного пользования: ЦКП «Микрос» и ЦКП «Цитокины и биомаркеры». Центр коллективного пользования научным оборудованием представляет собой научно-организационную структуру, обладающую сложным высокоточным оборудованием, высококвалифицированными кадрами и обеспечивающую на имеющемся оборудовании проведение многопрофильных исследований на современном уровне, а также оказание услуг не только исследователям базовой организации, но и внешним пользователям.